Dù chỉ góp sức cùng lực lượng Việt Minh chưa đầy hai tháng nhưng nhóm Con Nai đã mở ra hy vọng về quan hệ hợp tác giữa Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và chính phủ Mỹ trong thời kỳ mà Hồ Chí Minh dự đoán là sẽ rất khó khăn đối với một nhà nước non trẻ. Từ năm 1945 đến cuối 1946, Hồ Chí Minh đã có tám bức thư và điện gửi Tổng thống Harry Truman, ba bức thư và điện gửi Bộ trưởng Ngoại giao James Byrnes. Nhiều bức điện trong số đó được gửi qua máy điện đài của điện đài viên nhóm Con Nai là William Zielski. Theo Zielski, "Ông Hồ không đòi hỏi tiền hay viện trợ quân sự từ Mỹ, ông ấy muốn tình hữu nghị, muốn tự do và độc lập được Truman hỗ trợ" và "Hồ Chí Minh là một người thuần phác, bình thản, có tác phong lãnh đạo chuyên nghiệp, có thiên hướng dân tộc, yêu nước." Trong thư gửi ông James Byrnes ngày 1 tháng 11 năm 1945, Hồ Chí Minh đề nghị gửi 50 thanh niên Việt Nam sang Mỹ để “xúc tiến việc tiếp tục nghiên cứu về kỹ thuật, nông nghiệp cũng như các lĩnh vực chuyên môn khác” và “tha thiết mong muốn tạo được mối quan hệ với nhân dân Mỹ là những người mà lập trường cao quý đối với những ý tưởng cao thượng về công lý và nhân bản quốc tế, và những thành tựu kỹ thuật hiện đại của họ đã có sức hấp dẫn mạnh mẽ đối với giới trí thức Việt Nam.” Tất cả những bức thư trên không bao giờ được Tổng thống Truman phản hồi, thay vào đó, chính phủ của Truman đã ủng hộ người Pháp quay trở lại Đông Dương.[67][68]

Một số nhà sử học cho rằng vì đã từ chối lời đề nghị hợp tác của Hồ Chí Minh, Hoa Kỳ đã lãng phí cơ hội xây dựng một mối quan hệ tốt đẹp với Việt Nam, điều có thể đã giúp người Mỹ không phải sa vào một cuộc chiến kéo dài hai thập kỷ sau đó. Theo Archimedes Patti, chính cách nhìn nhận của người Mỹ rằng Hồ Chí Minh là một người thân Cộng Sản đã biến Việt Nam trở thành kẻ thù của họ nhiều năm sau đó.[69] Do mối quan hệ Việt Nam - Hoa Kỳ xấu dần sau sự bắt đầu của cuộc chiến tranh ở Đông Dưong, nhiều chiến công và ghi chép hoạt động của Đội Con Nai ở Việt Nam nhanh chóng rơi vào quên lãng. Nhiều thành viên OSS khác từng hoạt động tại Việt Nam, đã giải ngũ khỏi quân đội và lên tiếng phản đối sự can thiệp của Mỹ tại Đông Dương, cũng như cuộc chiến tranh của Mỹ ở Việt Nam sau này.[68]

Hai mươi năm sau khi Chiến tranh Việt Nam kết thúc, ngày 11 tháng 7 năm 1995, Tổng thống Mỹ Bill Clinton và Thủ tướng Việt Nam Võ Văn Kiệt tuyên bố bình thường hóa quan hệ ngoại giao giữa hai quốc gia. Ngày 6 tháng 8 năm 1995, lần đầu tiên sau bốn mươi năm, văn phòng đại diện ngoại giao của Mỹ tại Hà Nội được nâng cấp lên thành đại sứ quán. Trong tháng 8 cùng năm, một tổ chức phi lợi nhuận tên là Dự án Hòa giải Mỹ - Đông Dương, đã cung cấp một cơ hội để những thành viên Đội Con Nai và các nhân viên OSS được đến Hà Nội, thăm lại địa điểm huấn luyện ở Tân Trào, và gặp gỡ những người lính họ từng hướng dẫn từ nửa thế kỷ trước. Ông Henry Prunier mặc lại chiếc áo comple đũi ông may ở Hà Nội trước khi được lệnh về nước mà ông vẫn giữ cẩn thận suốt bao năm. Trong bữa tiệc tổ chức tại Hà Nội để chào đón đoàn, Đại tướng Võ Nguyên Giáp đã đến dự. Khi nhìn thấy và nhận ra Henry Prunier, Đại tướng đã cầm lấy một quả cam ở trên đĩa và làm động tác xoay người vung tay như là ném trái lựu đạn để Prunier thấy vị Đại tướng không quên người cố vấn quân sự của mình năm xưa. Trong chuyến thăm lại chiến khu Tân Trào, các thành viên toán Con nai đã trở lại nơi họ đã ở. Khi tới cây đa Tân Trào, Thomas kể lại dự định ban đầu là toán sẽ đi bằng đường bộ nhưng do quân Nhật lùng sục rất gắt gao nên toán phải sử dụng đường hàng không. Do thời tiết xấu, viên phi công không nhận ra được dấu hiệu của bãi nhảy dù ở mặt đất nên toán phải nhắm mắt nhảy xuống và dù của Thiếu tá Thomas mắc đúng vào cây đa Tân Trào. Sau đó, toán Con Nai được chiêu đãi một bữa thịt bò, và khi nhớ lại, Thomas cười và khen “thịt bò hôm đó ngon."[3]

Khi tới thăm Thái Nguyên để nhớ lại trận đánh giải phóng thị xã cùng Đại đội Việt - Mỹ, Thomas cho nhà báo Đào Ngọc Ninh xem bức ảnh một ngôi nhà. Ông cho biết, ngôi nhà này là nơi đặt sở chỉ huy của quân giải phóng trong trận đánh và nói ông muốn tìm thăm lại ngôi nhà này. Một cuộc tìm kiếm nhanh chóng được tổ chức, cuối cùng đã tìm được một thầy giáo rất già người địa phương. Ông giáo nhận ra cái cổng của ngôi nhà trong ảnh và dẫn mọi người đến tận nơi. Đó là cơ quan của Điện lực Thái Nguyên bây giờ và cái cổng từ thời Pháp vẫn còn. Thiếu tá Thomas cho biết, lúc đó, dù họ nhận được Patti ra lệnh qua radio là không tham gia các trận chiến đấu với quân Nhật cùng lực lượng Việt Minh, nhưng ông vẫn quyết định không thực hiện mệnh lệnh này.[3]

Năm 2009, Henry Prunier tặng lại một hòm tài liệu cho cho Bảo tàng Lịch sử Quân đội tại Hà Nội, thông qua sự giúp đỡ của cựu Đại tá Thủy quân Lục chiến David Thomas, từng tham chiến ở Pleiku năm 1968. Hòm tài liệu bao gồm: những trang nhật ký, những bức ảnh đen trắng ông Henry Prunier viết, chụp tại Tuyên Quang; bộ quân phục gắn quân hàm phù hiệu, mề đay ông được Lục quân Hoa Kỳ cấp năm 1946 sau khi trở về từ Việt Nam; tấm danh thiếp in chữ bằng tiếng Việt và tiếng Trung Quốc của Đại đội trưởng Đại đội Việt - Mỹ Đàm Quang Trung, tặng ông trước khi về Mỹ; và sơ đồ vẽ bằng bút chì trên giấy can khu vực nhóm tình báo Con Nai sống và làm việc ở Tuyên Quang năm 1945. Ngoài ra còn có băng ghi âm về những cuộc phỏng vấn, băng ghi hình ghi cảnh quay về Hồ Chí Minh do ông tập hợp từ băng hình của nhiều đài truyền hình và các hãng thông tấn Mỹ và nước ngoài. Giám đốc bảo tàng, Thiếu tướng Lê Mã Lương, một cựu chiến binh Chiến dịch Khe Sanh, đã gọi món quà của Prunier là “một trong những món quà lịch sử hiến tặng đáng kể nhất mà bảo tàng từng được nhận.” Năm 2011, Henry Prunier được Quân đội Hoa Kỳ trao thưởng Huân chưong Sao Đồng vì những đóng góp của ông vào cuộc chiến tranh chống Phát Xít diễn ra 66 năm trước đó, và đồng thời được nhận bằng khen của Chính Phủ Việt Nam vì những đóng góp cho nền độc lập của Việt Nam.[70][71]